O Programa de Pós-graduação em Oceanografia Biológica forma recursos humanos especializados para atuar nos mais diversos ecossistemas costeiros e oceânicos gerando conhecimento sobre sua biodiversidade, estratégias de conservação, funções ecossistêmicas, modelagem ecológica e biotecnologia. Diversos projetos coordenados por docentes do programa investigam mudanças induzidas por fatores naturais e antropogênicos que contribuem para o conhecimento da vulnerabilidade e adaptabilidade destes ecossistemas. Entre eles, destacam-se o Programa de Pesquisa Ecológica de Longa Duração (PELD) sítio Lagoa dos Patos e costa marinha adjacente no sul do Brasil, SACC: An International Consortium for the Study of Oceanic Related Global and Climate Changes in South America, Rede Clima, com a sub-rede Zonas Costeiras, Blue Carbon Initiative, entre outros. Grande parte dos projetos é desenvolvida em parceria com grupos internacionais de diferentes universidades e institutos de pesquisa em ciências marinhas em diversos continentes, entre os quais podemos citar NOAA Fisheries – Mississipi, University of Miami, Columbia University, Old Dominion University, University of South Carolina, Scripps Institution of Oceanography, Woods Hole Oceanographic Institute e Ocean Ecology Branch – Goddard Space Flight Center (Estados Unidos), Dalhousie University (Canadá), Universidad Veracruzana (Mexico), Vrije Universiteit Brussel (Bélgica), University of Georg-August (Alemanha), University of Groningen e Ocean Clean Up Organization (Holanda), Institut de recherche pour le développement e Université de Nantes (França), Instituto de Ciencias del Mar e Universidad Politecnica de Valencia (Espanha), University of Salford, University of Oxford e British Antarctic Survey (Reino Unido), University of Copenhagen e University of Aarhus (Dinamarca), University of Linkoping (Suécia), Universidade de Coimbra (Portugal) Flinders University, Southern Cross University e University of Tasmania (Austrália),Pontificia Universidad Catolica e Universidad de Concepcion (Chile), Instituto Nacional de Investigación y Desarollo Pesquero e Centro Nacional Patagonico (Argentina), Instituto del Mar de Peru (IMARPE, Peru) e a Dirección Nacional de Recursos Aquáticos (Uruguai), o que permite a análise dos problemas por meio de um enfoque global. Finalmente, o programa realiza a formação de doutores no sistema cotutela com dupla diplomação com a Flinders University (Austrália) e Vrije Universiteit Brussel (Bélgica).

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